Es gibt viele Dateisysteme die zur Verwaltung von Daten genutzt wird.
Die geläufigsten sind
FAT 16
FAT 32
NTFS

Das Dateisystem ist abhängig von verwendeten Windows. Das heutige Windows XP kann mit Fat 32 und NTFS verwendet werden. Vista arbeitet generell mit NTFS.
Wobei NTFS das bessere Dateisystem ist, der Nachteil hierbei ist das keine DOS Partition mehr vorhanden ist und diese Dateisystem nicht mit DOS Befehlen bearbeitet werden kann.
siehe auch:
FAT
Dateizuordnungstabelle